O projeto total do Parque Tecnológico São José dos Campos abrange uma área de 25 milhões de m2 – o equivalente a 3.501 campos de futebol no padrão da Fifa. Na organização do uso do solo do município, é denominada Zona Especial do Parque Tecnológico (ZEPTEC).
Essa área se estende das margens da Rodovia Presidente Dutra, na altura do quilômetro 138 no sentido São Paulo-Rio de Janeiro, até a Rodovia Governador Carvalho Pinto, e está dividida em três partes: o Núcleo do PqTec, a área da Prefeitura e a área privada.
O Núcleo do Parque ocupa uma área total 188 mil m2. Nela, estão construídos cerca de 55 mil m2, ocupados com a área administrativa do Parque, o centro de eventos, o restaurante e os quatro Centros Empresariais.

Os Centros Empresariais 1 e 2 são ocupados por pequenas e médias empresas residentes e por laboratórios multiusuários.
No Centro Empresarial 3 estão unidades de grandes empresas, a Incubadora, os Centros de Desenvolvimento Tecnológico, a Unesp, instituições de ciência e tecnologia e entidades da sociedade civil.
O Centro Empresarial 4 já conta com a presença do Centro Nacional de Monitoramento e Alertas de Desastres Naturais (Cemaden) e em breve receberá novas empresas residentes.
A área da Prefeitura ocupa o entorno do Núcleo do Parque, é gerida pela empresa Urbanizadora Municipal (Urbam) e equivale a 1 milhão de m2. É destinada a instituições públicas ou privadas com atividades relevantes para o desenvolvimento do Parque. A Cidade Universitária está nesta área, com os campi da Universidade Federal de São Paulo (Unifesp) e da Faculdade de Tecnologia (Fatec). Já há terrenos destinados à Unesp, ao Senai, ao Cemaden e ao Instituto Tecnológico de Aeronáutica (ITA).
A área privada soma 24 milhões de m2. Nela já estão localizadas empresas de grande porte, como a Akaer, a Ericsson e a Parquer Hannifin, sem que necessariamente precisem ter vínculos com o Parque.
A maior parte da ZEPTEC se refere a terrenos de diferentes proprietários. Os projetos de ocupação dependem de aprovação prévia da Prefeitura de São José dos Campos e da entidade gestora do Parque Tecnológico. A ocupação deve ocorrer com finalidades correlatas ao Parque Tecnológico ou de seu interesse.
O primeiro empreendimento imobiliário privado na ZEPTEC será o loteamento denominado “Cidade Tecnológica”, que abrigará empresas de base tecnológica, estabelecimentos de serviços e residências.
